Techniques de normalisation pour la quantification de marqueurs immunohistologiques

Encadrants : Raphaël Marée, Vannary Meas-Yedid
Disponible : OUI

Nombre d'étudiants : 1
Description : Nous disposons d'une grande collection d'images histologiques 2D dans le domaine de la néphrologie. Ces images montrent l'expression de différents marqueurs (protéines) au sein de coupes de tissus de rein transplantés ou pathologiques. Ces images présentent des variations de coloration dûes aux protocoles expérimentaux qui rendent difficile la quantification complètement automatique de ces marqueurs et la détection de structures tissulaires.
Pré-requis : java
Travail demandé : Le but du projet est dans un premier temps d'implémenter des algorithmes de normalisation/transfert de couleurs [Voir Références]. Il s'agira ensuite d'étudier l'influence de leurs paramètres et leur impact pour la quantification de marqueurs au sein de coupes (immuno)histologiques. Ces techniques seront ensuite évaluées pour déterminer si elles améliorent la reconnaissance de différentes structures tissulaires lorsqu'elles sont combinées avec des algorithmes d'apprentissage.
Fichiers complémentaires : maree-isbi2014-final-preprint