Normalisation couleur pour la quantification de marqueurs histologiques
Encadrants : Vannary Meas-Yedid
Email : vmeasyed@pasteur.fr
Disponible : OUI
Spécialité : IMA
Nombre d'étudiants : 1
Description : Nous disposons d'une grande collection d'images histologiques 2D pour le diagnostic médical. Ces images montrent l'expression de différents marqueurs (protéines) au sein de coupes de tissus. Ces images présentent des variations de coloration dues aux protocoles expérimentaux (échantillon, coupe, marquage et paramètres d’acquisition) qui rendent difficile la quantification automatique de ces marqueurs et la détection de structures tissulaires.
Pré-requis : Programmation en java sur notre plateforme de développement Icy : http://icy.bioimageanalysis.org/
Travail demandé : Le but du projet est dans un premier temps de faire une étude bibliographique sur les différentes techniques existante en normalisation d’image couleur. Il s'agira ensuite d’implémenter les méthodes qui sembleront adaptées aux images histologiques et d'étudier l'influence de leurs paramètres et leur impact pour la quantification de marqueurs au sein de coupes (immuno)histologiques. Ces techniques seront ensuite évaluées pour déterminer si elles améliorent la reconnaissance de différentes structures tissulaires lorsqu'elles sont combinées avec des algorithmes d'apprentissage.
