Analyse de forme cellulaire dans le domaine sphérique
Encadrants : Alexandre Dufour
Email : adufour@pasteur.fr
Disponible : OUI
Nombre d'étudiants : 3
Description : L'analyse morphologique 3D de cellules vivantes est essentielle pour comprendre leur (dys)fonctionnement. Afin d'analyser ces formes de façon robuste et systématique, notre laboratoire étudie cette problématique à l'aide d'outils mathématiques liés à la sphère, en 3 étapes successives (constituant trois parties distinctes du meme projet) :
1) Projection de la surface cellulaire sur la sphère
2) Transformée en harmoniques sphériques (SPHARM) pour l'analyse morphologique globale
3) Transformée en ondelettes sphériques (SWAVE) pour l'analyse morphologique locale
Le but de ce stage est de développer, sous la plateforme logicielle Icy, des plug-ins "clé-en-main" permettant de réaliser ces 3 étapes, et utiliser ces plug-ins pour étudier la forme de cellules vivantes dans des conditions expérimentales diverses.
Pré-requis : Programmation Java (et lecture de code Matlab)
Notions mathématiques sur la transformée de Fourier et les ondelettes
Travail demandé : Sur base de travaux existants :
- Recherche bibliographique
- Implémentation en Java de codes Matlab existants et de méthodes alternatives
- Validation et utilisation de ces outils pour l'analyse de forme
