Recalage de coupes sériées pour le diagnostic médical
Encadrants : Vannary Meas-Yedid
Email : vmeasyed@pasteur.fr
Disponible : OUI
Spécialité : IMA
Nombre d'étudiants : 1
Description : Le diagnostic de nombreuses pathologies, notamment les cancers, passe par l’analyse de prélèvements biologiques dont du tissu de l’organe suspecté via une biopsie. Plusieurs tranches de cette biopsie sont colorées avec différents marquages révélant différentes entités à quantifier (structures tissulaires, zone tumorale, cellules immunitaire, etc.). Afin de relier spatialement les différentes régions d’intérêt entre elles, il est nécessaire de faire un recalage des images. Ce recalage s’apparente au recalage multimodal et plusieurs difficultés doivent être prises en compte : les déformations locales du tissu, des objets visibles qui sont différents d’une image à l’autre.
A long terme, cette technique pourrait servir à reconstruire la biopsie en 3D.
Travail demandé : Le but du projet est de faire une synthèse bibliographique sur les méthodes existantes de recalage, de présenter les avantages et limites des techniques existantes et enfin de mettre en œuvre celle qui serait la plus adaptée aux images de coupes sériées.
Programmation en java sur notre plateforme de développement Icy : http://icy.bioimageanalysis.org/
