Compression de lames de pathologie numérique
Encadrants : Bouyssoux A.
Email : alexandre.bouyssoux@pasteur.fr
Disponible : OUI
Nombre d'étudiants : 1
Description : Les lames numériques utilisées en pathologie numérique (histologie et cytologie) représentent des fichiers de taille très importante sans compression (~20Gb par fichiers). Le stockage et l'analyse de ces lames peuvent rapidement devenir difficile à cause de ce volume. A titre d'exemple, les données de la compétition CAMELYON17 pour la détection automatique de métastase du cancer du sein représentent plus de 3 terabytes. Dans certains cas, les lames sont numérisées selon plusieurs plans focaux, décuplant par autant la taille des fichiers. Il est donc nécessaire de mettre en place des méthodes de compression de données, sans diminuer les possibilités d'analyses visuelles et automatiques des lames numériques.
Pré-requis : Python
Travail demandé : Après avoir fait un état de l'art sur les différentes méthodes de compression d'image appliquées au données médicales et les techniques d'évaluation de ces méthodes, il s'agira d'appliquer une méthode parmi JPEG2000 et Better Portable Graphics (Bpg) aux lames numériques fournies, et de proposer une méthode d'évaluation de l'impact de la compression sur des techniques d'analyse automatique. Une solution adaptée aux lames numériques contenant plusieurs plans focaux sera valorisée.
[1] https://bellard.org/bpg/
[2] H. Helin, T. Tolonen, O. Ylinen, P. Tolonen, J. Näpänkangas, and J. Isola, “Optimized JPEG 2000 compression for efficient storage of histopathological whole-Slide images,” J Pathol Inform, vol. 9, no. 1, p. 20, 2018.
[3] F. Ghazvinian Zanjani, S. Zinger, B. Piepers, S. Mahmoudpour, and P. Schelkens, “Impact of JPEG 2000 compression on deep convolutional neural networks for metastatic cancer detection in histopathological images,” J. Med. Imag., vol. 6, no. 02, p. 1, Apr. 2019.
[4] Gokturk, S. B., Tomasi, C., Girod, B., & Beaulieu, C. (2001). Medical image compression based on region of interest, with application to colon CT images. In Engineering in Medicine and Biology Society, 2001. Proceedings of the 23rd Annual International Conference of the IEEE (Vol. 3, pp. 2453-2456). IEEE.
