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Description : Un sepsis est une infection générale grave de l’organisme par des germes pathogènes et a de conséquences graves : dysfonction cérébrale, mortalité plus élevée en ré-animation et déclin cognitif plus fréquent. Le réseau astrocytaire se compose de cellules astrocytaires et de dendrites que l’on peut assimiler à un réseau vasculaire. Deux approches peuvent être envisagées : soit analyser le squelette issu de l’image binaire, soit créer le graphe à partir de l’image segmentée.

Travail demandé : L’objectif de ce travail est de générer une description symbolique de réseaux astrocytaires à partir d’images microscopiques fluorescentes 3D acquises dans des conditions expérimentales différentes, afin de pouvoir comparer ces réseaux entre eux. Les données morphologiques sont par exemple, le nombre d’embranchements, la profondeur d’un nœud. Programmation en java sur notre plateforme de développement Icy : http://icy.bioimageanalysis.org/